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厦门市中医院创办于1956年，2008年通过三级中医医院评审，编制床位1200张，开放床位1250张，占地面积7.3万平方米，建筑面积9.6万平方米，由总院、南区、禾祥东门诊部组成。同时下辖4个社区卫生服务中心。2019年门急诊（不含社区）216万人次，出院4.5万人次。
2017年成为北京中医药大学与厦门市人民政府合作共建单位，纳入北京中医药大学直属序列管理。2018年入选福建省3家名优中医院建设单位之一，作为福建省唯一中医医疗机构入选国家卫生健康委建立健全现代医院管理制度全国试点。2016-2019年连续4年排名艾力彼“中国中医医院100强”前50名,2019年排名42名。是国家中医住院医师规范化培训基地，国家中医类别全科医师规范化培训基地，中华中医药学会中药临床药师培训基地，国家药物临床试验机构，福建省博士后创新实践基地。
现有职工1857人，设有32个临床科室、23个病区、10个医技科室、48个专科专病门诊、34个中医专科专病门诊。现有肝病科、儿科2个国家临床重点专科，中医肝胆病学1个国家中医药管理局重点学科，肝病科、肛肠科、儿科、脾胃病科4个国家中医药管理局重点专科，骨伤科、风湿病科2个国家中医药管理局重点专科建设单位。脾胃病科、风湿病科、骨伤科、糖尿病科、针灸康复科5个省级医疗“创双高”临床重点专科（中医类）建设项目。肛肠科、中西医结合儿科、肝病科3个厦门市医学领先学科。中医肛肠、中医骨伤、中医心血管、中医脑血管、中医肝病、中医消化、中医妇科、中医儿科、中医呼吸、中医风湿免疫、中西医结合内分泌、感染性疾病科、骨科、泌尿外科、普通外科、乳腺外科、耳鼻喉科17个专业具备开展药物临床试验资格，居福建省中医系统首位。