衢州市疾病预防控制中心是财政全额拨款的公益性事业单位，集疾病预防与控制、卫生监测与评价、健康教育与促进、应用研究与指导、技术管理与服务为一体，承担全市传染病、地方病、寄生虫病、慢性非传染性疾病、职业病、食源性疾病等疾病的预防与控制、应急预警与处置，是全市疾病预防控制工作的业务技术指导中心。 中心地处衢州市区西安路与环城东路交汇处，占地面积3.61亩，建筑面积5371平方米，地理位置优越，交通便利。中心现有职工65人，平均年龄41岁，其中研究生18人，大学本科37人；高级职称22人，中级职称28人。 中心设有9个业务科室和2个职能科室。中心实验室拥有超高效液相色谱-三重四级杆质谱联用仪、全自动核酸提取仪、荧光定量PCR仪、气质色谱仪、气相色谱仪、液相色谱仪、全自动微生物分析系统（质谱仪）、气相色谱-串联质谱仪、三维成像解剖镜、全基因组测序系统、多病原检测系统。 2020年中心党支部获浙江省抗疫先进基层党组织、先进集体荣誉称号，获衢州市新型冠状病毒肺炎疫情联防工作领导小组（指挥部）集体正面典型通报一次，获“集体三等功”1次。中心有2人获浙江省抗疫先进个人、5人获衢州市抗疫先进个人，4人记“个人三等功”一次。

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