中国科学院上海药物研究所前身是国立北平研究院药物研究所，创建于1932年，次年迁至上海，2003年搬迁至浦东张江高科技园区，是我国历史最悠久的综合性创新药物研究机构。现有职工916人，其中两院院士6人，973首席科学家6人、人事部百千万人才13人、基金委杰青22人、优青9人、中科院“百人计划”38人、上海市领军人才14人。在学博、硕士研究生484人，联合培养研究生345人，在站博士后53人。 上海药物所瞄准国际生命科学发展的前沿领域以及药物研究的重要科学问题，开展创新药物基础和应用基础研究。重点围绕治疗恶性肿瘤、心脑血管系统疾病、神经精神系统疾病、代谢性疾病、并加强现代中药的研发。 现有四个研究中心：新药研究国家重点实验室、国家新药筛选中心、中药标准化国家工程实验室、国家化合物样品库。研究机构和技术平台有：药物化学研究室、天然药物化学研究室、药理学第一研究室、药理学第二研究室、药理学第三研究室、药物靶标结构与功能中心、药物发现与设计中心、上海药物代谢研究中心、药物安全性评价研究中心、药物制剂研究中心、上海中药现代化研究中心、化学蛋白质组学研究中心、神经药理学国际科学家工作站、中科院受体结构与功能重点实验室；以及分析化学室、药物质量控制与固体化学研究中心、信息中心、实验动物室以及公共技术服务中心等。主办SCI学术期刊《Acta Pharmacologica Sinica》和《Asian Journal of Andrology》以及科普杂志《家庭用药》。 自建所以来，共研制开发新药100余种并投入生产，创制了一批在国内外具有一定影响的创新药物。抗肿瘤新药丁氧哌烷是第一个中国与国外公司合作开发成功，并进入国际市场的药物。近年来又研制了现代中药丹参多酚酸盐、抗菌新药盐酸安妥沙星、抗禽流感药物扎那米韦等一批新药。全所共获各类科研成果奖287项，国家三大奖25项，全国科学大会奖21项，省部级奖96项。 全所现每年申请并获授权国内外专利100多项；发表SCI论文300余篇。与国际著名研究机构和制药公司Astra Zeneca、Servier、Acetelion等建立了战略合作伙伴关系；与上药集团、石药集团/浙江医药、复兴医药、江苏恒瑞医药等大型民族企业建立产学研联盟，带动企业提升创新能力。

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